Les missions de cette commission ont été profondément modernisées par la réforme du règlement de l'Assemblée Nationale du 27 mai 2009 :

1- Vigie européenne de l'Assemblée

Le Gouvernement lui transmet désormais tous les projets d'actes européens, cela peut représenter 500 projets par an. Selon le thème, des rapporteurs sont désignés ou des groupes de travail.

2- L'organe d'impulsion des prises de position de l'Assemblée sur l'Europe

Tout député est aujourd'hui en mesure de proposer des résolutions européennes sur tout document émanant d'une institution de l'Union et à tout moment qu'il juge opportun. La Commission des affaires européennes joue désormais un rôle incontournable dans la procédure.

3- Le signal d'alarme pour dénoncer les textes qui empiètent sur les compétences nationales

La Commission instruira les projets législatifs européens afin d'identifier, dans le contexte du Traité de Lisbonne, les difficultés au regard de la subsidiarité.

4- L'expert européen pour mieux colorer d'Europe le travail législatif national

La Commission pourra donner un éclairage européen au cours de l'examen des projets et propositions de loi nationale qui portent sur un domaine couvert par l'activité de l'Union Européenne.

5- L'animateur des débats européens en séance publique

Le nouveau règlement de l'Assemblée Nationale prévoit qu'une séance de la semaine de contrôle est consacrée en priorité aux questions européennes.

6- L'interlocuteur naturel de nos partenaires étrangers

Deux fois par an, la COSAC (Conférence des Organes Spécialisés dans les Affaires Communautaires) réunit des membres des Commissions des affaires européennes des 27 et des députés européens pour tracer les voies de la coopération entre les parlements.